Los avances en medicina genómica han mejorado significativamente la comprensión de las enfermedades y han demostrado ser un elemento clave para la implementación de la medicina de precisión en la asistencia sanitaria para mejorar el diagnóstico, el pronóstico y el tratamiento. La iniciativa IMPaCT-Genómica ha desarrollado una plataforma básica y flujos de trabajo para evaluar casos sin diagnóstico con sospecha de enfermedad genética, incluyendo casos de cáncer hereditario complejos, los cuales no han podido ser resueltos por las herramientas asistenciales habituales.
No obstante, hoy en día uno de los mayores retos asociados a las tecnologías de secuenciación es la interpretación de variantes de significado desconocido (VSD) que no tienen aplicabilidad clínica. En pacientes con sospecha de cáncer hereditario es habitual identificar múltiples VSD en los genomas y exomas analizados, lo que justifica la necesidad de realizar estudios adicionales para poder determinar una clasificación definitiva a la variante y lograr el diagnóstico genético que la familia necesita. Adicionalmente, la genómica funcional junto con la inteligencia artificial prometen simplificar y agilizar la interpretación genética gracias a la integración de métodos predictivos con el creciente conocimiento de la predisposición genética al cáncer.
El objetivo principal de IMPaCT_VUSCan es implementar una plataforma integral de genómica funcional dentro de la infraestructura IMPaCT Genómica, para promover la resolución de un mayor número de diagnósticos de familias con sospecha al cáncer familiar. De este modo, la información generada por las distintas ómicas de secuenciación masiva (WGS, WES, RNASeq, etc) junto con el desarrollo de nuevos análisis in silico permitirá seleccionar aquellas VSD candidatas y mediante validaciones funcionales poder ofrecer una mejor interpretación de estas, promoviendo la determinación diagnóstica final del paciente. Asimismo, los resultados obtenidos se integrarán mediante herramientas basadas en inteligencia artificial para ofrecer una herramienta de apoyo a la toma de mejores decisiones clínicas que podría implementarse dentro del Sistema Nacional de Salud (SNS).
Con el objetivo final de mejorar el diagnóstico de casos con sospecha de cáncer hereditario no resuelto por las herramientas habituales del SNS, IMPaCT_VUSCan define los siguientes subobjetivos:
La siguiente propuesta interdisciplinar contribuirá en el avance de nuevas aplicaciones biomédicas que beneficien directamente a la sociedad. Así, permitirá el desarrollo de herramientas bioinformáticas, flujos de trabajo a nivel nacional para la validación funcional de variantes de significado desconocido que guíen la toma de decisiones clínicas y permitirá ampliar el conocimiento sobre genes con susceptibilidad al cáncer familiar que se reflejará en nuevas guías de recomendación clínica. Asimismo, los datos serán accesibles en bases de datos públicas, contribuyendo en iniciativas como 1+MG/B1MG o EU Mission Cancer.
Por otro lado, esta aproximación permitirá mejorar el rendimiento diagnóstico de los casos de cáncer hereditario. Esto ayudará a establecer el pronóstico del paciente y tomar la mejor aproximación terapéutica para este. Además, permitirá realizar un mejor seguimiento y asesoramiento a sus familiares en caso de ser portadores y aliviar del estrés asociado a los que no. En conjunto, las estrategias de trabajo establecidas en IMPaCT_VUSCan permitirán un mejor manejo de los casos con cáncer hereditario en la sociedad y promover la consciencia social entorno al cáncer familiar.